약국을 열면 가장 먼저 부딪히는 질문이 “내 매출은 세금계산서를 끊어야 하나, 부가세를 받아야 하나”입니다. 약국은 한 사업장 안에 면세 매출(조제)과 과세 매출(일반약·잡화)이 동시에 존재하는 대표적인 업종이라, 이 구분을 모르면 부가세 신고부터 꼬입니다.

과세와 면세, 무엇이 다를까

• 의사 처방전에 따른 조제(의약품 조제 의료보건용역) — 면세 · 부가세 없음 / 매입세액 공제 불가
• 일반의약품(OTC) 판매 — 과세 · 부가세 신고·납부 대상
• 건강기능식품·의약외품·화장품·잡화 — 과세 · 부가세 신고·납부 대상

조제와 일반 판매의 경계가 모호한 품목(예: 특정 제품을 조제에 사용했는지 단순 판매했는지)도 있어, 실제 거래 형태에 따라 과세·면세가 달라질 수 있습니다. 애매한 품목은 단정하지 말고 확인이 필요합니다.

① 과세·면세 구분과 겸영 매입세액 안분

약국처럼 과세사업과 면세사업을 함께 하는 사업자를 겸영사업자라고 합니다. 부가세 신고 시 매입세액은 다음 원칙으로 처리합니다.

실지귀속 우선

• 과세(일반약·잡화)에만 쓴 매입 → 매입세액 전액 공제
• 면세(조제)에만 쓴 매입 → 매입세액 공제 불가
• 어디에 썼는지 구분 안 되는 공통매입(임차료, 전기·수도, 인테리어, POS 등) → 안분

공통매입세액 안분

공통매입세액은 총공급가액 중 면세공급가액이 차지하는 비율만큼 공제에서 제외합니다. 즉 면세(조제) 매출 비중이 클수록 공제받는 매입세액이 줄어듭니다. 조제 비중이 높은 약국일수록 이 계산이 부가세 부담을 좌우합니다.

② 카드·현금영수증 발행세액공제

약국은 최종소비자를 상대하는 대표적 업종이라 카드·현금영수증 발행 비중이 높습니다. 개인사업자(직전연도 공급가액이 일정 금액 이하 등 요건 충족)는 카드매출전표·현금영수증 발행금액의 일정 비율을 납부세액에서 공제받을 수 있습니다.

• 공제율: 발행금액의 1.3%(2026년 12월 31일까지), 이후 1%
• 한도: 연 1천만원(2026년 12월 31일까지), 이후 연 500만원
• 법인사업자 및 직전연도 공급가액이 기준을 초과하는 개인사업자는 대상에서 제외됩니다.

③ 성실신고확인·복식부기·사업용계좌

복식부기 vs 간편장부

모든 사업자는 원칙적으로 복식부기로 장부를 기록해야 하며, 업종별 일정 규모 미만인 경우에만 간편장부가 허용됩니다. 약국은 매출 규모가 커지면 대부분 복식부기의무자가 됩니다.

성실신고확인

수입금액이 업종별 기준 이상인 사업자는 종합소득세 신고 시 세무사 등이 장부·증빙의 적정성을 확인한 성실신고확인서를 제출해야 합니다. 이 경우 신고기한이 다음 해 6월 30일까지로 연장됩니다.

사업용계좌

복식부기의무자는 사업 관련 대금을 사업용계좌로 거래해야 하며, 미사용 시 가산세 등 불이익이 있습니다.

④ 종합소득세

약국의 사업소득은 5월(성실신고확인대상은 6월까지) 종합소득세로 신고합니다. 과세·면세 매출과 매입, 인건비, 임차료, 감가상각 등을 반영한 정확한 장부 작성이 절세의 출발점입니다. 겸영사업의 특성상 부가세 안분 결과와 종합소득세 비용 처리가 서로 맞물리므로 일관된 기장이 중요합니다.

🧭 여기서부터는 케이스마다 다릅니다

조제·일반판매의 과세·면세 경계, 개국 초기 인테리어·시설투자 매입세액의 안분, 복식부기·성실신고확인 대상 여부, 종합소득세 신고 전략은 약국마다 매출 구조와 규모에 따라 달라집니다. 정확한 판단이 필요하면 전문가와의 상담을 권해드립니다.

💡 현장에서 진짜 중요한 것

• 근무약사·직원 급여는 근로소득으로 처리하는 게 원칙입니다: 근무약사에게 3.3% 사업소득으로 지급하는 경우가 있지만, 정해진 시간에 출근해 지휘감독을 받는 근로 실질이면 근로소득 원천징수와 4대보험 대상입니다. 형식만 프리랜서로 처리했다가 근로소득 재분류와 보험료 소급 부담이 생길 수 있습니다.
• 안분율은 매년 매출 비중에 따라 다시 계산됩니다: 조제(면세)와 일반판매(과세) 매출 비중은 해마다 달라지므로, 공통매입세액 안분율도 그에 맞춰 달라집니다. 개국 때 인테리어처럼 크게 안분한 매입은 이후 면세비율이 변하면 정산이 따를 수 있으니, 과세·면세 매출을 정확히 집계해 두는 게 중요합니다.

📚 근거 법령

• 부가가치세법 제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세) 제1항 제5호 — 의료보건 용역 면세(조제 등 대통령령으로 정하는 것)
• 부가가치세법 제40조(공통매입세액의 안분) — 겸영사업자의 공통매입세액을 면세공급가액 비율 등으로 안분
• 부가가치세법 제46조(신용카드 등의 사용에 따른 세액공제 등) — 발행세액공제율 1.3%·연 1천만원 한도(2026.12.31.까지)
• 소득세법 제160조(장부의 비치ㆍ기록) — 복식부기 원칙, 간편장부대상자·복식부기의무자 구분
• 소득세법 제70조의2(성실신고확인서 제출) — 수입금액 기준 이상 사업자의 성실신고확인서 제출 및 6월 30일 신고기한

⚖️ 본 글은 일반적인 정보 제공용이며, 과세·면세 구분과 공제율·한도·규모 기준은 세법 개정 및 개별 사실관계에 따라 달라질 수 있습니다. 구체적 판단은 반드시 전문가 확인을 받으시기 바랍니다.