“협동조합은 비영리니까 세금이 없다”는 오해가 많습니다. 하지만 협동조합도 유형에 따라 영리법인이 되기도 하고, 어떤 근거법으로 설립됐는지에 따라 적용 세율이 완전히 달라집니다. 우리 조합이 어디에 해당하는지부터 정확히 확인해야 합니다.

① 협동조합의 유형과 법인세 납세의무

협동조합의 세무 출발점은 ‘영리법인이냐 비영리법인이냐’입니다. 이 구분에 따라 과세 대상 소득의 범위가 달라집니다.

• 법인 성격 — [일반협동조합(협동조합기본법)] 영리법인 · [사회적협동조합(협동조합기본법)] 비영리법인
• 배당 — [일반협동조합(협동조합기본법)] 가능(잉여금 배당 허용) · [사회적협동조합(협동조합기본법)] 원칙적으로 배당 금지
• 과세 대상 소득 — [일반협동조합(협동조합기본법)] 모든 각 사업연도 소득 · [사회적협동조합(협동조합기본법)] 수익사업에서 생긴 소득만
• 적용 세율 — [일반협동조합(협동조합기본법)] 일반 법인세율(10~25%) · [사회적협동조합(협동조합기본법)] 일반 법인세율(수익사업분)

비영리법인은 ‘수익사업 소득’만 과세

법인세법상 비영리내국법인은 제조·도소매 등 수익사업, 이자·배당소득, 자산 처분수입 등 법에서 정한 수익사업에서 생기는 소득에만 법인세가 과세됩니다(법인세법 제4조 제3항). 조합원 회비·정부보조금처럼 고유목적사업 관련 수입은 원칙적으로 과세 대상이 아닙니다. 다만 수익사업과 비수익사업은 구분경리해야 합니다.

주의: ‘협동조합기본법 협동조합’과 ‘개별법 조합’은 다릅니다

2012년 협동조합기본법으로 설립된 일반협동조합·사회적협동조합과, 농업협동조합법·수산업협동조합법·신용협동조합법 등 개별 법률로 설립된 조합은 세법상 취급이 다릅니다. 아래 ②의 당기순이익과세 특례는 개별법상 조합법인 등에만 적용되며, 협동조합기본법상 협동조합은 이 특례 대상이 아닙니다.

② 조합법인 등에 대한 당기순이익과세 특례 (조특법 제72조)

농협·수협·신협·새마을금고·중소기업협동조합·산림조합·엽연초생산협동조합·소비자생활협동조합 등 개별법으로 설립된 조합법인은, 일반 법인세 계산방식(과세표준 × 누진세율) 대신 결산상 당기순이익을 기준으로 낮은 단일세율을 적용받는 특례가 있습니다.

• 과세 기준 — [일반 법인세] 세무조정 후 과세표준 · [당기순이익과세 특례(조특법 제72조)] 결산재무제표상 당기순이익(+일부 손금불산입 조정)
• 세율 — [일반 법인세] 10% / 20% / 22% / 25%(4단계) · [당기순이익과세 특례(조특법 제72조)] 9%(당기순이익 등 20억원 초과분 15%)
• 적용 대상 — [일반 법인세] 모든 내국법인 · [당기순이익과세 특례(조특법 제72조)] 제72조 열거 조합법인 등
• 적용 기한 — [일반 법인세] 상시 · [당기순이익과세 특례(조특법 제72조)] 2028.12.31. 이전 종료 사업연도까지

대상 조합(조특법 제72조 제1항)

신용협동조합·새마을금고, 농업협동조합 조합 및 조합공동사업법인, 수산업협동조합 조합, 중소기업협동조합·사업협동조합·연합회, 산림조합, 엽연초생산협동조합, 소비자생활협동조합 등이 열거되어 있습니다. 여기에 해당하지 않는 법인은 이 특례를 쓸 수 없습니다.

계산 구조

당기순이익과세는 법인세법 제13조(과세표준)·제55조(세율)를 적용하지 않고, 결산상 당기순이익(법인세 등 공제 전)에 수익사업 관련 기부금·기업업무추진비 손금불산입액 등 법에서 정한 조정을 더한 금액에 9%(해당 금액 20억원 초과분은 15%)를 적용합니다. 조합이 원하면 대통령령이 정하는 절차에 따라 당기순이익과세를 포기하고 일반 법인세 방식으로 전환할 수 있으며, 포기하면 이후 사업연도에는 특례가 적용되지 않습니다.

③ 사회적기업에 대한 세제 지원 (조특법 제85조의6)

협동조합과 별개로, 사회적기업 육성법에 따라 사회적기업으로 인증받으면 법인세(개인은 소득세) 감면을 받을 수 있습니다. 협동조합이 사회적기업 인증까지 받은 경우 이 감면 적용을 검토할 수 있습니다.

• 대상: 2028.12.31.까지 사회적기업으로 인증받은 내국인
• 감면 내용: 최초 소득 발생 과세연도와 그다음 과세연도 개시일부터 2년 이내 종료 과세연도까지 법인세·소득세 100% 감면, 그 후 2년 이내 종료 과세연도까지 50% 감면
• 한도: 1억원 + (취약계층 상시근로자 수 × 2천만원)
• 주의: 감면기간 중 거짓·부정한 방법으로 인증받거나 인증요건을 갖추지 못해 인증이 취소되면 해당 과세연도부터 감면을 받을 수 없고, 일정 사유에는 감면세액에 이자상당가산액을 더해 추징됩니다.

장애인 표준사업장 인증을 받은 경우에도 유사한 감면(3년 100% + 2년 50% + 5년 30%)이 별도로 규정되어 있습니다.

④ 부가가치세·원천징수 개관

부가가치세

협동조합·사회적기업도 재화·용역을 공급하면 원칙적으로 부가가치세 납세의무가 있습니다. 비영리 여부와 무관하게 사업상 과세 공급이 있으면 사업자등록·세금계산서 발급·신고·납부 의무가 발생합니다. 다만 개별 거래가 면세(예: 일정 교육·의료·복지 용역 등)에 해당하는지는 사업 내용에 따라 별도로 판단해야 합니다.

원천징수

직원 급여, 사업소득(프리랜서 3.3%), 기타소득, 이자·배당 등을 지급할 때는 유형과 무관하게 원천징수 의무가 있습니다. 원천징수한 세액은 다음 달 10일까지 신고·납부하고, 지급명세서·간이지급명세서 제출 의무도 있습니다. 조합원에게 배당(일반협동조합의 잉여금 배당 등)을 지급하는 경우 배당소득 원천징수 여부도 확인해야 합니다.

🧭 여기서부터는 우리 조합의 상황에 따라 달라집니다

협동조합기본법 협동조합인지 개별법 조합인지, 영리·비영리 구분, 당기순이익과세 특례 대상·포기 여부, 사회적기업 감면과 다른 세액감면·공제의 중복 적용, 수익사업 구분경리 방법 등은 조합의 설립 근거와 사업 구조에 따라 유불리가 크게 갈립니다. 우리 조합에 맞는 적용을 확인하려면 전문가와의 상담을 권해드립니다.

💡 현장에서 진짜 중요한 것

• ‘협동조합=비영리=세금 없음’으로 신고를 건너뛰면 가산세입니다: 일반협동조합은 영리법인이라 모든 소득에 법인세를 내야 하고, 신고를 안 하면 무신고 가산세가 붙습니다. 우리 조합이 영리(기본법 일반)인지부터 확정하고 기한 내 신고하세요.
• 당기순이익과세 특례는 한 번 ‘포기’하면 되돌릴 수 없습니다: 9% 특례를 포기하고 일반 법인세로 바꾸면 이후 사업연도에는 특례를 다시 적용받지 못합니다. 유불리를 충분히 따진 뒤에 선택해야 합니다.
• 수익·비수익을 구분경리하지 않으면 전부 과세될 수 있습니다: 비영리(사회적협동조합 등)라도 수익사업 소득만 과세받으려면 고유목적사업과 수익사업 장부를 나눠야 합니다. 구분경리를 안 하면 비과세로 둘 소득까지 과세 대상이 될 수 있습니다.

📚 근거 법령

• 법인세법 제2조(정의) — 비영리내국법인의 범위, 조합법인 등
• 법인세법 제4조(과세소득의 범위) — 비영리내국법인은 수익사업에서 생기는 소득만 과세
• 법인세법 제55조(세율) — 일반 법인세율 10%/20%/22%/25% 4단계
• 조세특례제한법 제72조(조합법인 등에 대한 법인세 과세특례) — 당기순이익과세, 세율 9%(20억원 초과분 15%), 대상 조합 열거, 2028.12.31.까지
• 조세특례제한법 제85조의6(사회적기업 및 장애인 표준사업장에 대한 법인세 등의 감면) — 사회적기업 3년 100% + 2년 50% 감면, 한도, 2028.12.31.까지 인증분

⚖️ 본 글은 일반적인 정보 제공용이며, 세율·감면율·적용 기한 등은 세법 개정으로 달라질 수 있습니다. 실제 적용은 조합의 설립 근거·사업 구조에 따라 달라지므로 개별 확인이 필요합니다.