임원 보수는 "얼마를 줄까"보다 "줄 수 있는 근거가 서류로 남아 있는가"가 먼저입니다. 근거서류가 부실하면 아무리 실제로 일하고 받은 급여라도 세무조사에서 비용을 통째로 부인당할 수 있습니다.

핵심 답변

• 주주총회 의사록(또는 정관 보수 규정)은 사실상 필수입니다. 상법 제388조는 이사의 보수를 정관에 금액을 정하거나, 정하지 않았으면 주주총회 결의로 정하도록 규정합니다. 근거가 없으면 세무상 손금 부인의 표적이 됩니다.
• 인감증명서는 법률상 필수는 아닙니다. 다만 의사록에 참석 임원·주주의 인감을 날인하고 인감증명서를 함께 보관하면, 결의가 실제로 있었다는 진정성을 다투기 어려워집니다. 세무조사 대비용 증빙으로 권장됩니다.
• 근거서류 없이(또는 결의 범위를 초과해) 지급하면 → 법인세법 제26조·시행령 제43조에 따라 손금불산입 + 대표 개인 상여로 소득처분의 이중 리스크가 발생합니다.

자세히

1) 보수를 정하는 근거 — 상법 제388조

"이사의 보수는 정관에 그 액을 정하지 아니한 때에는 주주총회의 결의로 이를 정한다." 즉 임원 연봉의 정당한 근거는 ① 정관에 명시된 보수 규정, 또는 ② 주주총회 결의(그 기록물이 주주총회 의사록)입니다. 실무에서는 정관에 보수 한도(총액)를 두고, 매년 주주총회에서 구체적 금액·지급기준을 결의하는 방식이 일반적입니다.

2) 근거가 없으면 세무상 비용 부인 — 법인세법 제26조·시행령 제43조

• 법인세법 제26조(과다경비 등의 손금불산입): 인건비 등 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정되는 금액은 손금에 산입하지 않습니다.
• 시행령 제43조 제1항: 이익처분에 의하여 지급하는 상여금은 손금불산입.
• 시행령 제43조 제2항: 임원 상여금 중 정관·주주총회·사원총회 또는 이사회의 결의로 정한 급여지급기준을 초과해 지급한 금액은 손금불산입. → 결의(의사록)로 정한 기준이 있어야 그 범위 내 지급이 비용으로 인정됩니다.
• 시행령 제43조 제3항: 지배주주 등인 임원에게 정당한 사유 없이 같은 직위의 다른 임원보다 더 준 초과 보수는 손금불산입. → 대표가 곧 대주주인 소규모 법인일수록 "왜 이 금액인지" 근거가 더 중요합니다.

3) 부당행위계산부인까지 — 법인세법 제52조

특수관계인(대표 등)에게 시가를 벗어난 과도한 보수를 지급해 법인 세부담을 부당하게 줄였다고 보면, 과세관청은 정상 수준으로 다시 계산(부인)할 수 있습니다. 근거서류와 합리적 산정기준은 이 다툼에서 방어의 출발점입니다.

4) 부인되면 어떻게 되나 — 손금부인 + 소득처분

근거 없는 임원 보수가 손금부인되면, 그 금액만큼 법인 소득이 늘어 법인세(세율 10 / 20 / 22 / 25%)가 추징되고, 부인된 금액은 대개 대표 개인의 상여로 소득처분되어 근로소득세까지 추가됩니다. 결국 법인·개인 양쪽에서 세금을 다시 무는 셈입니다.

이것만은 주의

• 급여를 올리거나 상여를 줄 때는 먼저 근거서류부터. 지급을 실행한 뒤 의사록을 소급 작성하는 것은 분쟁 시 진정성을 의심받습니다. 정기 주주총회 또는 임시 주주총회 결의로 지급 전에 기준을 확정하세요.
• 정관 보수 규정 + 주주총회 의사록을 세트로. 정관에 총액 한도를, 의사록에 그해 구체 금액·지급기준을 남겨두면 제43조 제2항 방어가 탄탄해집니다.
• 인감증명서는 안 냈다고 손금부인되는 것은 아니지만, 의사록의 진정 성립을 다투는 조사에서 결정적 증빙이 됩니다. 참석자 인감 날인 + 인감증명서 보관을 권장합니다.
• 대표=대주주 1인 법인이라도 절차는 지켜야 합니다. 오히려 지배주주 임원 과다보수(제43조 제3항)·부당행위계산부인(제52조)의 표적이 되기 쉬워 근거가 더 중요합니다.

💡 현장에서 진짜 중요한 것

• 서류를 갖춰도 '실제 근무'가 없으면 부인됩니다: 의사록·정관을 완비해도, 비상근 명목 임원처럼 실제 근로제공 사실이 없으면 그 보수는 통째로 부인됩니다. 특히 가족을 임원으로 올려놓고 급여만 지급하는 경우, 출근·업무 수행이 확인되는 실질이 서류의 전제입니다.
• 상여를 '이익처분'으로 주면 결의가 있어도 비용이 안 됩니다: 이익잉여금 처분으로 지급하는 상여는 급여지급기준에 따른 정상 상여와 달리 손금으로 인정되지 않습니다. 상여는 결산 확정 전에 정해둔 급여지급기준에 따라 지급해야 비용 처리됩니다.

⚖️ 본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며, 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 법령·예규는 변경될 수 있습니다.