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폐업하면 세금 신고는 뭘 해야 하나요? 폐업 후속처리 총정리(부가세 확정신고·종소세·원천세)

✍️ 이원정 공인회계사 · 제니스세무회계 | 발행일 2026-08-19
30초 요약
사업을 접어도 신고가 저절로 끝나지 않습니다. 폐업 후에는 부가세 확정신고(폐업일이 속한 달의 다음 달 25일까지)로 마지막 부가세를 정산하고, 이때 남은 재고·비품 등 잔존재화도 함께 신고합니다. 종합소득세는 폐업한 해의 소득을 다음 해 5월에 신고하고, 원천세·지급명세서로 직원·프리랜서 정산을 마무리한 뒤, 사업자등록 폐업신고로 등록을 말소합니다. 원천세 등에서 돌려받을 환급금이 있으면 계좌를 등록해 두어야 합니다.
목차
  1. 폐업 후 해야 할 일(기한 순서)
  2. ① 부가세 확정신고 — 가장 급합니다
  3. ② 남은 재고·비품 등 '잔존재화'도 함께
  4. ③ 종합소득세 — 다음 해 5월
  5. ④ 원천세·지급명세서 마무리
  6. ⑤ 사업자등록 폐업신고
  7. 원천세 등 환급금이 있다면
  8. 💡 현장에서 진짜 중요한 것
  9. 📚 근거 법령

"문만 닫으면 끝"이 아닙니다. 폐업에도 세목별로 기한과 순서가 있고, 하나라도 빠뜨리면 가산세나 뒤늦은 추징으로 이어질 수 있습니다. 폐업할 때 꼭 챙겨야 할 신고를 기한 순서대로 정리했습니다.

폐업 후 해야 할 일(기한 순서)

  • 부가세 확정신고·납부 (+잔존재화 포함) — 기한: 폐업일이 속한 달의 다음 달 25일까지 / 근거: 부가가치세법 §49
  • 사업자등록 폐업신고 — 기한: 지체 없이 (부가세 확정신고서에 폐업연월일 기재로 갈음 가능) / 근거: 부가가치세법 §8
  • 원천세 신고·납부, 지급명세서 제출 — 기한: 폐업(퇴직)에 따른 정산 후 각 법정기한 / 근거: 소득세법
  • 종합소득세 확정신고 — 기한: 폐업한 해의 다음 해 5월 1일~5월 31일 / 근거: 소득세법 §70

부가세 확정신고 — 가장 급합니다

폐업하면 일반적인 부가세 신고기한(1월·7월 25일)과 달리, 폐업일이 속한 달의 다음 달 25일까지 마지막 부가세를 신고·납부해야 합니다(부가가치세법 §49). 예를 들어 3월 20일에 폐업했다면 4월 25일까지입니다.

  • 폐업일까지의 매출·매입을 정산합니다.
  • 앞서 예정고지서를 받았더라도 무리해서 낼 필요 없이, 이 확정신고로 조기 정산하면 됩니다.

남은 재고·비품 등 '잔존재화'도 함께

폐업 시 매입세액을 공제받았던 재고·차량·기계·비품이 남아 있으면, 세법은 그것을 "사업자가 자기에게 공급한 것"으로 보아(잔존재화) 폐업일 현재 시가로 부가세를 매깁니다(부가가치세법 §10). 이 잔존재화 부가세도 위 의 확정신고에 포함해 신고합니다.

  • 단, 매입세액을 공제받지 않은 자산이나 포괄적 사업양도로 통째로 넘기는 경우는 과세되지 않습니다(§102호).
  • 자세한 계산·체감률은 잔존재화 편을 참고하세요.

종합소득세 — 다음 해 5월

폐업했다고 소득세가 면제되는 것이 아닙니다. 폐업한 해에 발생한 사업소득은 다음 해 5월(5월 1일~5월 31일) 종합소득세 확정신고에 포함해 신고·납부합니다(소득세법 §70). 폐업으로 결손(손실)이 났다면 이때 반영되어 세금이 줄거나 환급될 수 있습니다.

원천세·지급명세서 마무리

직원이나 프리랜서에게 급여·용역비를 지급했다면, 폐업(퇴사) 시점의 정산을 마무리해야 합니다.

  • 마지막 급여·사업소득에 대한 원천세를 신고·납부합니다.
  • 근로소득·사업소득·일용근로 등 지급명세서(간이지급명세서 포함)를 제출해 미제출 가산세를 피합니다.
  • 직원이 있었다면 4대보험 상실신고도 함께 챙깁니다.

사업자등록 폐업신고

폐업하면 지체 없이 관할 세무서에 폐업신고를 해야 하고, 세무서는 이를 확인해 사업자등록을 말소합니다(부가가치세법 §8·§9). 실무에서는 홈택스 폐업신고 또는 부가세 확정신고서에 폐업연월일을 적는 것으로 갈음할 수 있습니다. 폐업신고를 미루면 면허·인허가 정리, 카드단말기 해지 등 후속 처리가 늦어질 수 있습니다.

원천세 등 환급금이 있다면

원천세를 더 냈거나 부가세 환급이 발생하는 등 돌려받을 세금이 있으면, 홈택스에 환급 계좌를 등록해 두어야 그 계좌로 입금됩니다. 등록된 계좌가 없으면 국세환급금 통지서가 발송되고, 우체국 등에서 본인 확인 후 수령하게 됩니다. 폐업으로 사업용 계좌를 해지할 예정이라면, 살아 있는 본인 명의 계좌를 미리 등록해 두는 것이 좋습니다.

🧭 여기서부터는 상황마다 달라집니다. 재고·설비를 폐업 전에 처분할지, 포괄 사업양도로 넘길지, 결손을 어떻게 반영할지에 따라 세 부담이 크게 달라집니다. 특히 잔존재화 누락과 사업양도 포괄성 요건은 뒤늦게 큰 부가세로 돌아오기 쉬운 대목입니다. 폐업을 앞두고 있다면 전문가 상담을 권해드립니다.

💡 현장에서 진짜 중요한 것

  • 잔존재화는 폐업 '전'에 줄이는 게 핵심: 확정신고 때 남은 재고·비품은 시가로 부가세가 매겨집니다. 폐업 직전에 재고를 정상 판매·처분해 두면 그만큼 잔존재화 과세가 줄어듭니다. 문 닫은 뒤엔 손쓸 수 없습니다.
  • 환급 계좌는 폐업 전에 살아 있는 계좌로: 사업용 계좌를 해지하면 환급금이 갈 곳이 없어집니다. 폐업신고 전에 본인 명의의 유효한 계좌를 홈택스에 등록해 두어야 원천세·부가세 환급을 제때 받습니다.

📚 근거 법령

  • 부가가치세법 제49조 제1항 — 확정신고·납부. 폐업하는 경우 폐업일이 속한 달의 다음 달 25일 이내 신고
  • 부가가치세법 제10조 제6항 — 폐업 시 남은 자기생산·취득재화는 자기에게 공급한 것으로 간주(잔존재화)
  • 부가가치세법 제10조 제9항 제2호 — 포괄적 사업양도는 재화의 공급으로 보지 않음
  • 부가가치세법 제8조 제8항·제9항 — 폐업 시 지체 없이 신고, 사업자등록 말소
  • 소득세법 제70조 — 종합소득세 확정신고(다음 해 5월)

⚖️ 본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며, 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 법령·예규는 변경될 수 있습니다.

❓ 자주 묻는 질문

폐업했는데 부가세 예정고지서가 왔어요. 꼭 내야 하나요?
그대로 낼 필요 없이, 폐업일이 속한 달의 다음 달 25일까지 확정신고로 본세만 조기 정산하면 됩니다.
종합소득세는 폐업하자마자 내나요?
아닙니다. 폐업한 해의 소득을 다음 해 5월에 신고합니다. 부가세(폐업 다음 달 25일)와 기한이 다릅니다.
적자로 폐업했는데도 신고해야 하나요?
네. 오히려 결손을 신고해야 세금이 줄거나 환급받을 수 있으므로 반드시 신고하는 것이 유리합니다.

이원정 공인회계사

제니스세무회계 대표 공인회계사

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